In F.E.A.R. speel jij als één van de Point Men van de First Encounter Assault Recon (F.E.A.R.). Deze speciale troepen staan onder leiding van de Amerikaanse regering en zijn gespecialiseerd in het oplossen van problemen die te maken hebben met het bovennatuurlijke. Jij moet het opnemen tegen Paxton Fettel, een duistere figuur die een leger supersoldaten onder zijn controle heeft door telepathie. Fettel neemt een campus van de Armacham Technology Corporation (ATC) over, waardoor hij zijn soldaten nog beter kan besturen.
Jouw taak is simpel: zoek Fettel en schakel hem uit. Tijdens je zoektocht leer je de man kennen aan de hand van hints die je in de levels vindt. Zo kom je te weten dat Fettel waarschijnlijk een zoon is van Alma (het kleine meisje) en dat hij de ATC heeft ingenomen om Alma te bevrijden. Zij is namelijk voor een experiment gevangen genomen op de campus zodat ze gebruik kunnen maken van haar speciale krachten.
Uiteindelijk beland je op de campus waar je het moet opnemen tegen de supersoldaten en bewakers van de ATC. Uiteindelijk wordt Fettel gedood en wordt Alma vrijgelaten omdat een medewerker van ATC vindt dat ze onheus is behandeld. Het heroïsche gevecht wordt afgesloten met het ontploffen van de campus en het neerstorten van een helikopter. Hier zweert Alma nog een laatste keer wraak en eindigt de game.
