Aan het begin van het avontuur krijgt de speler van Spenser, één van de voornaamste Ranger-leiders, een uitnodiging om naar Fall City te komen en daar de functie van leerling-Ranger te vervullen. In deze rol maakt de speler kennis met de krachten van gevangen Pokémon, welke goed van pas komen bij het oplossen van problemen, het helpen van mensen en het beschermen van de natuur.
Voor het eerst in een Pokémon-spel, kunnen spelers de Ranger besturen via het touchscreen van de Nintendo DS. Als een speler een wilde Pokémon wil vangen, moet hij er rondjes omheen trekken met de stylus. Dit gaat niet altijd even gemakkelijk, omdat elke Pokémon zijn eigen formaat, kracht en speciale vaardigheden in de strijd gooit. Als de Ranger een wilde Pokémon heeft gevangen, kan hij de krachten ervan gebruiken om problemen op te lossen, bijvoorbeeld door een hindernis uit de weg te ruimen.
